Terdapat banyak parameter yang digunakan untuk menilai kualiti air sungai dan tasik. Ini termasuk parameter fizikal (pH dan oksigen terlarut), nutrien (ammonia dan fosfat) dan logam (kadmium dan ferum).

Jabatan Alam sekitar (JAS) menggunakan enam parameter utama untuk menilai kualiti air sungai iaitu oksigen terlarut (DO), pH, permintaan oksigen biokimia (BOD), permintaan oksigen kimia (COD), jumlah pepejal terampai (TSS) dan amonia.

Keenam-enam parameter ini diberikan pemberat atau nilai tertentu sebagai nilai Indeks Kualiti Alam sekitar (IKA).

JAS menggunakan IKA sebagai pengukur kebersihan dan kualiti bekalan air yang boleh digunakan untuk kegunaan domestik, akuakultur dan pengairan.

Nilai-nilai IKA bagi Kelas I ialah 92.7 ke atas iaitu sebagai air dalam keadaan semula jadi. Kelas II A (85 hingga 92.7) yang memerlukan rawatan konvensional, Kelas IIB (76.5 hingga 85.0) air yang boleh digunakan untuk rekreasi, Kelas III (51.9 hingga 76.5 air) yang memerlukan rawatan intensif, Kelas IV (31 hingga 51.9) hanya untuk tujuan pengairan dan Kelas V kurang daripada 31.0 merupakan air yang tercemar teruk.

Bulletin of the Geological Society of Malaysia 2004 melaporkan Sungai Chuau yang berpasir dan berbatu kecil merupakan sungai yang penting memastikan aliran air sentiasa ada dalam ekosistem wetland walaupun pada musim kering yang panjang. Namun, aliran air berterusan boleh menyumbang kepada sedimentasi.

Bagi memastikan pencemaran terutama kelodak daripada masuk ke tasik, siri sel-sel telah dibina pada bahagian hulu pertembungan tiga cabang Sungai Chuau. Sel-sel bersiri dibina berbeza-beza mengikut saiz dan kedalaman membenarkan air mengalir melalui tumbuhan akuatik yang pelbagai jenis.

Tumbuhan akuatik seperti rumput mensiang, rumput sadang, rumput butang, rumput ubi puron dan rumput kercut ditanam mengikut kesesuaian.

Tumbuhan-tumbuhan ini berperanan sebagai penapis dan pembersih air semula jadi.

Kaedah semula jadi ini lebih mudah dan murah berbanding secara mekanikal. Tumbuhan ini bukan sahaja menapis kelodak tetapi juga menyerap bahan-bahan beracun seperti logam berat beracun kadmium, raksa, nikel, tembaga dan zink.

Secara am setiap sel yang dibina berfungsi dalam memerangkap dan menyerap bahan cemar yang ada dalam air sebelum masuk ke Tasik Putrajaya.

Partikel terampai akan mendap ke dasar sel dan menyokong pertumbuhan tumbuh-tumbuhan akuatik.

Pembinaan 24 sel di Wetland Putrajaya seluas 162 hektar itu bertindak sebagai perangkap dan penapis semula jadi bagi aliran air masuk ke wetland sebelum sampai ke tasik utama Putrajaya. Dengan adanya sel-sel dan tumbuhan akuatik, pemantauan kualiti air memasuki tasik Putrajaya mudah dilakukan. Amalan Sistem Rawatan Tanah Lembab (SRTL) juga dapat mengawal paras air, merawat air dan menyimpan air dengan mudah dan cekap di kawasan tanah lembab. Kawasan tasik yang bersiri dapat mengawal air lebih daripada 90 peratus dan lebihan air dikeluarkan secara berperingkat.

Siri tasik-tasik dengan tumbuhan akuatik dan kepulauan kecil menggalakkan pertambahan populasi burung air.

Pada 1995, terdapat hanya35 spesies burung dan sembilan spesies ikan di tapak Taman Wetland.

Pada 2013 terdapat 124 spesies burung baharu telah dikenal pasti. Sebanyak 5,576 ekor temoleh, kelah (368 ekor), kelah merah (500 ekor), lampam sungai (28,380 ekor), baung (2,460 ekor), kerai lampam (5,000 ekor) telah dilepaskan pada 2013 hasil sumbangan Jabatan Perikanan.

Kini ada burung-burung air seperti burung pucung seriap (Ardea cinera), pucung serandau (Ardea purpurea), bangau kerbau (Bubulcus ibis), pucung kuak (Nycticorax nycticorax) dan burung upih sawah (Mycteria leucocephala) nampak bersarang di kepulauan pokok-pokok di tasik Putrajaya.

Lain-lain burung air seperti pucung keladi (Butorides striata), pucung bendang (Ixobrychus cinnamomeus), pucung kuning (Ixobrychus sinensis), ruak-ruak (Amaurornis phoenicurus), pangling ungu (Porphyrio porphyrio) dan ayam-ayam (Gallicrex cineria) juga kelihatan di kawasan pelbagai jenis rumput di dalam sel. Habitat tanah basah yang stabil merupakan kawasan kompleks sesuai bagi burung air.

Masyarakat Malaysia khasnya sekitar Putrajaya dan Cyberjaya sepatutnya menggunakan Taman Wetland Putrajaya sebagai tempat pendidikan, penyelidikan dan rekreasi bagi memahami fungsi ekosistem tanah basah sesuai dengan cita-cita untuk menjadikan kawasan tersebut bertaraf dunia.

Kajian tentang kesedaran awam terhadap pemeliharaan dan pemuliharaan alam semula jadi Taman Wetland Putrajaya telah dijalankan dan diterbitkan dalam Geografia Malaysian Journal of Society and Space 2015.

Hasil kajian menunjukkan pada umumnya masyarakat Malaysia kurang kesedaran terhadap alam semula jadi dan Taman Wetland Putrajaya.

Komitmen awam dan swasta juga masih berkurangan kerana umumnya mereka mengharapkan imbuhan dan keuntungan material secara langsung.

Secara keseluruhannya, hasil kajian mendapati masih ramai yang tidak mengetahui fungsi sebenar Taman Wetland kepada pembangunan Putrajaya.

Putrajaya dan Cyberjaya merupakan kawasan baharu bandar pentadbiran dan perniagaan yang moden berteknologi tinggi, pembangunan yang mampan dan hijau.

Berasaskan kepada pembangunan mapan Local Agenda 21 (LA21), Putrajaya dan Cyberjaya dirancang dan dibangunkan secara sistematik. LA21 suatu program pembangunan mapan global diperkenalkan dalam Sidang Kemuncak Dunia Mengenai Bumi di Rio de Janeiro, Brazil pada 3 hingga 14 Jun 1992.

Malaysia merupakan salah satu daripada 178 negara yang menandatangani LA21.

Sempena sambutan Hari Tanah Lembab Sedunia pada 2 Februari setiap tahun, kefahaman tentang Taman Wetland Putrajaya dan fungsinya perlu ditingkatkan dalam kalangan masyarakat Putrajaya dan sekitarnya.

Tarikh 2 Februari dipilih bagi memperingati tarikh Konvensyen Ramsar yang ditandatangani pada 1971 di bandar Ramsar, Iran.

Sehingga kini sebanyak 169 negara setuju menandatangani konvensyen tersebut.

Malaysia menandatangani konvensyen tersebut pada 10 Mac 1995 dan mempunyai tujuh tapak Ramsar seluas 134,182 hektar.