Walaupun ramai memahami tentang peranan ekosistem pesisiran pantai dalam perikanan dan habitat hidupan liar, namun konflik terus berlaku. Konflik ini menyebabkan kelestarian ekosistem dan produktivitinya terganggu. Antaranya ialah kawasan hutan bakau Matang dan Kuala Gula di Perak yang aktif dengan penternakan kerang, menangkap ketam dan tempat persinggahan burung berhijrah pantai. Tempat ini juga menjadi tumpuan pelancong, sumber pendapatan penduduk tempatan dan kawasan hijau yang perlu disimpan untuk generasi akan datang.

Aktiviti pertanian menyumbang kepada lumpur ke pantai manakala penggunaan baja dan racun memberi kesan kepada haiwan bentik termasuk kerang. Penebangan hutan bakau untuk kolam udang juga menjadi suatu konflik yang besar. Kuala Gula adalah antara kawasan penting burung (IBA).

Begitu juga Pulau Kukup, Sungai Pulai dan Tanjung Piai yang diwartakan sebagai Tapak Ramsar. Kawasan rumput laut penting di Merambong, Selat Tebrau, Johor juga mendapat tekanan daripada aktiviti pembangunan, pelayaran kapal dan industri. Laporan media massa pada 2017 misalnya menunjukkan pencemaran yang serius berlaku di pesisiran pantai Kuala Selangor dan Taiping, Perak serta muara sungai yang cetek menyebabkan kerang dan pendapatan nelayan terjejas.

Antara tekanan penting kepada ekosistem pantai adalah pencemaran bahan kimia seperti logam berat, racun perosak, petroleum dan bahan radioaktif.

Pencemaran bahan kimia mungkin tidak nampak dengan mata kasar, tetapi kesan jangka pendek dan panjang sangat berbahaya.

Kerajaan memang prihatin tentang pencemaran bahan kimia dalam ekosistem pantai. Menerusi Akta Kualiti Alam Sekitar jelas memaparkan panduan dan had paras bahan kimia yang dibenarkan. Had kandungan logam berat seperti kuprum (Cu), zink (Zn), kadmium (Cd), plumbum (Pb), arsenik (As) dan raksa (Hg) serta paras minyak, gris dan tributyltin (TBT) dalam air laut telah ditetapkan.

Namun, panduan itu belum lengkap dan memerlukan kajian yang sistematik. Pencemaran bahan kimia boleh datang dari laut dan darat. Panduan dari segi had kepekatan bahan kimia dalam air, sedimen dan biota sebagai petunjuk mesti diselaraskan untuk tujuan pemantauan kualiti alam sekitar atau tahap pencemaran bahan kimia di persekitaran pantai.

Banyak kajian dijalankan oleh penyelidik tempatan dan kerjasama dengan saintis dari luar negara. Antara aktiviti penyelidikan dan kerjasama antarabangsa ialah program mussel watch, kerjasama penyelidikan Malaysia, Jepun dan negara Asean menerusi kerjasama Persatuan Penggalakan Sains Jepun (JSPS) dan Agensi Kerjasama Antarabangsa Jepun (JICA).

Kajian bersama sejak 1990-an itu merangkumi bidang sosio-ekonomi, sumber perikanan, oseanografi, kepelbagaian biologi pesisiran pantai dan pencemaran. Kerjasama kajian berterusan hingga sekarang dengan menumpukan kepada ekosistem khusus sebagai model kajian dan melatih ahli sains muda dalam bidang berkaitan pesisiran pantai.

Kerajaan sangat prihatin dengan pencemaran bahan kimia di pesisiran pantai yang diketahui memberi kesan kepada biologi dan ekologi pantai. Maka kriteria kualiti air laut dan standard ditetapkan mengikut kelas.

Daripada contoh panduan kepekatan bahan kimia berbahaya dalam air laut menunjukkan kerajaan mengambil serius dengan kualiti air laut mengikut kawasan dan kepentingannya.

Sudah menjadi tanggungjawab pihak berkaitan memantau dan menguatkuasakannya. Bagi masyarakat pula mesti mengambil maklum tentang potensi kawasan yang boleh terdedah kepada kandungan bahan kimia berbahaya terutama kepada kesihatan misalnya melalui mengambilan sumber makanan laut yang tercemar atau bersentuh dengan air laut yang mempunyai bahan kimia yang tinggi.

Pemantauan berterusan perlu dilakukan oleh pihak bertanggung jawab memandangkan aktiviti manusia yang semakin meningkat di laut dan di darat. Kapal besar dan bot-bot kecil menyumbang kepada pencemaran menerusi tumpahan minyak, hakisan cat bot yang digunakan melindungi bot atau kapal daripada serangan organisma marin seperti alga mikro. Begitu juga aktiviti industri, pertanian dan perbandaran di daratan memberi kesan melalui kumbahan dan hakisan permukaan yang tidak terkawal.

Banyak kajian tentang logam berat diterbitkan dalam jurnal tempatan dan antarabangsa.

Misalnya jurnal Buletin Environmental Contamination and Toxicology 2010 mengenal pasti Selat Johor merupakan kawasan panas untuk kajian pencemaran logam berat.

Begitu juga muara Sungai Juru di Pulau Pinang dan Sungai Sepang, Selangor yang terkenal dengan penternakan babi suatu masa dahulu menyumbang kepada pencemaran logam berat seperti yang dilaporkan dalam jurnal buletin berkenaan pada 2015 dan Environmental Monitoring and Assessment 1995.

Pencemaran bahan kimia kawasan pantai mungkin mengancam kesihatan burung air misalnya burung botak upeh dan burung berhijrah pantai seperti yang dilaporkan dalam jurnal Toxicology Report 2017. TBT sudah lama didapati menyebabkan fenomena imposex di dalam haiwan moluska.

Kajian yang dilaporkan oleh Journal of Tropical Marine Ecosystem 2011 menunjukkan hampir 100 peratus kes imposex berlaku terhadap haiwan moluska di pesisiran pantai terutama di kawasan pelabuhan. Imposex adalah pertukaran seks betina kepada jantan .

Ini menunjukkan pencemaran TBT di perairan pantai Semenanjung agak tinggi. Kajian tentang pencemaran pelet plastik juga dilaporkan dalam jurnal Malaysian Applied Biology Journal 2009. Walaupun secara amnya pencemaran bahan kimia di kawasan pantai Semenanjung belum berada pada tahap serius, namun pemantauan berterusan, penguatkuasaan undang-undang dan pendidikan serta kesedaran awam perlu diberi perhatian.